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2005
在科大公佈的《2005-2020策略發展計劃》中，大學計劃設立科大高等研究院。
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2006
高等研究院成立，前科大校長朱經武出任創院院長。
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同年6月15日，蜚聲國際的物理學家霍金教授為科大高等研究院主講首場講座。
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2007
高等研究院獲美國的趙氏廷箴懷芳基金會捐款二千萬港元，作為該院設立一名長駐教授席的經費。
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並於同年11月，香港科技大學與美國史拔思科研院設立科大高研院─史拔思科研發展實驗室。
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2010
科大高等研究院動工興建。
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同年9月，高等研究院主辦首場俄鋁校長論壇。論壇主講嘉賓包括香港或海外的學者或商界人士，主題將環繞最新科技及其對人類的影響及貢獻。
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2013
高等研究院於6月17日遷往位於新啟用的李兆基校園最高點的高等研究院大樓 (盧家驄薈萃樓)。
同年11月27日，高等研究院正式冠名為「香港科技大學賽馬會高等研究院」並舉行冠名教授席就職典禮。
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2014
高等研究院於12月18日舉辦了第500場活動 - 傑出學人講座 (由高等研究院訪問教授吳建福教授主講)。 詳情
2017
物理學教授高漢安自1月起擔任香港科技大學賽馬會高等研究院院長。 詳情
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